Dopo il dominio indisturbato nelle prove libere, Sylvain Guintoli (Aprilia Racing Team) riesce ad ottenere anche la pole position, autografando il tempo di 2’03.002 e continuando a spiccare nella classifica Superpole. Il pilota francese è poi seguito dal campione del mondo in carica Tom Sykes (Kawasaki Racing Team), che, sebbene abbia mostrato un gran bel ritmo, soffre un ritardo pari a 106 millesimi dal crono di riferimento.
Terza posizione per l’italiano Davide Giugliano (Ducati Superbike Team) che è riuscito a concludere le qualifiche meglio di quanto fatto nelle prove libere, lo segue da molto vicino un ottimo Toni Elias (Red Devils Roma), che ci dimostra come le moto di casa Aprilia lavorino bene su questo tracciato. In realtà il pilota stranamente più affaticato è il veterano Marco Melandri (Aprilia Racing Team) che accusa un ritardo di nove decimi e mezzo dal tempo fatto segnare dal team mate e si piazza in quinta posizione, in piena seconda fila. Loris Baz (Kawasaki Racing Team), sesto, è stato in realtà uno dei protagonisti di queste qualifiche, proprio nel giro in cui stava facendo segnare un gran bel tempo, è caduto in dirittura d’arrivo, non avendo più la possibilità di tornare in sella; dietro di lui si classificano Eugene Laverty (Voltcom Crescent Suzuki), che accusa problemi nella gestione della moto, soprattutto dal punto di vista elettronico, Chaz Davies (Ducati Superbike Team), Alex Lowes (Voltcom Crescent Suzuki), passato in Superpole2 dopo essersi aggiudicato la prima piazza nel turno di qualifiche precedente, e Jonathan Rea (PATA Honda World Superbike), in netta difficoltà, a dimostrazione del fatto che Honda non digerisce in particolar modo questa pista.
Leon Haslam (PATA Honda World Superbike), undicesimo, anticipa lo spagnolo David Salom (Kawasaki Racing Team), secondo nella Superpole1 e autore di ben pochi giri nel turno dei top riders, mentre il rivale di categoria Niccolò Canepa (Althea Racing) lo segue da dietro, con un distacco di due decimi. Claudio Corti (MV Agusta RC-Yakhnich M.), a nome della sua esperienza passata nel motomondiale, ottiene un buon risultato a Sepang, quattordicesima piazza per lui; Ayrton Badovini (Team Bimota Alstare), invece, soffre una scivolata nel turno di qualifiche e si accontenta della terzultima posizione.
